L’École secondaire Jean-Paul II a vu le jour en 1986.  L’institution a été fondée à la suite de demandes effectuées par de nombreux parents désireux d’offrir à leurs enfants une éducation conforme à leurs valeurs. 

C’est grâce aux efforts soutenus de plusieurs personnalités locales ainsi qu’à la contribution de plusieurs communautés religieuses que le gouvernement du Québec, par l’entremise de son ministre de l’Éducation, Monsieur Claude Ryan, a accepté de lever le moratoire qui limitait la création de nouvelles institutions privées au Québec depuis 1977.  C’est donc en septembre 1986 que débutait la première année scolaire de la nouvelle école privée catholique de Baie-Comeau, avec une centaine d’élèves.  Jusqu’en 1995, l’école est administrée par des communautés religieuses.

Devant l’engouement démontré par les jeunes ainsi que leurs parents pour les sports, l’École secondaire Jean-Paul II met sur pied de nouveaux programmes de sport (vélo de montagne, ski alpin, planche à neige, basket, hockey) qui attireront une nouvelle clientèle.

En 2003, l’École secondaire Jean-Paul II devient la toute première et seule école de la Côte-Nord à obtenir la reconnaissance officielle du ministère de l’Éducation du Québec pour son programme Sport-études Hockey.  Le Dynamo-Royal, une équipe de la ligue Midget Espoir AA, est ainsi formé.

Stimulée par le succès que connaissent ses programmes de sport, l’École secondaire Jean-Paul II va de l’avant et implante cette fois les concentrations golf, judo et patinage artistique.  En 2005, le programme sport-études ayant fait ses preuves, une autre équipe du Dynamo-Royal voit le jour dans la catégorie Bantam AA.  Le sport-études patinage artistique suivra en 2006.

2005 :  l’École secondaire Jean-Paul II entreprend un important virage et actualise son projet éducatif.  Agir et grandir, le nouveau projet éducatif, permettra de créer une école « verte », de former des citoyens aptes à faire face aux multiples défis qu’ils auront à relever dans la société.